介绍两种更改bam文件header的方法：
1. Samtools工具的reheader方法；
2. Picard软件的AddOrReplaceReadGroups方法；
两种方法有什么区别呢？Samtools仅能修改header信息，但是picard不仅能修改header信息，还可以用户自定义添加read group信息。所以如果你没有什么高级的需求用samtools就可以（因为速度更快）。
最近测试svaba的时候发现，如果bam文件header的染色体顺序和reference的染色体顺序不一致的话软件会报错，因此需要对输入的bam进行reheader操作。
第一种方法：Samtools reheader
有两种写法，可以给它一个拥有你想要的header的bam文件（下面示例是in.header.bam），这样软件会把输入的in.bam文件的header改成模板bam的header；
samtools reheader -i in.header.bam in.bam > out.bam另一种方法是以sam的格式直接提供需要的header；
samtools reheader header.sam in.bam > out.bam第二种方法：picard AddOrReplaceReadGroups
java -jar picard.jar AddOrReplaceReadGroups \ I=input.bam \ O=output.bam \ RGID=4 \ RGLB=library1 \ RGPL=illumina \ RGPU=unit1 \ SORT_ORDER=coordinate \ RGSM=sample1更多生信小知识关注：
