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212.样本量和测序深度的Alpha多样性稀释曲线
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Nature综述：微生物构成的氮循环网络
Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少
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一席-赵立平-大树细菌
给多头绒泡菌叫外卖，它真的很喜欢吃平菇
一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
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一片看懂肠道菌群在人体中的作用
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3分和30分文章差距在哪里？
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Nature评论：中国成为超级大国，背后是科学的力量
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2019国自然微生物中标4个亿
下次诺奖会是他吗？肠道微生物组开创者Jeffrey Gordon
导师太牛而自己很水，是一种怎样的体验？
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Nature：宏基因组关联分析(1) (2)
Nature子刊：肠道菌群如何划分肠型
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NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
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专刊征稿
JoVE微生物组专刊征稿，写方法拍视频教程发SCI
生物工程学报-微生物组测序与分析专刊
培训会议
6月12-6月14日，转录组分析和R数据可视化第11期
6月22日美国科学院院士、斯坦福大学王永雄（Wing H Wong）教授
7月24-26日，微生物组-宏基因组分析第8期
8月14-16日，微生物组-扩增子16S分析第9期
人才招聘
中科院微生物所高程组招聘助研3名(正式编制)
南方科技大学Medi-X研究院-环境健康平台博士后招聘
中山大学丁涛组博后及副研招聘-微生物组学方向
中科院微生物所高程组博士后招聘-真菌组与生态功能的研究
北京大学口腔医学院陈峰课题组微生物方向招聘博士后
西湖大学郑钜圣组招聘博士后-人类肠道微生物、多组学整合、生物信息交叉学科方向
中科院北京生科院赵方庆团队招聘人体微生物组方向特别研究助理
浙大蒋超组招聘博后和技术员：环境暴露组和微生物组
哈佛医学院刘洋彧组诚聘博后-微生物组学方向
华中农大津田賢一组招植物微生物组、生物信息方向博士后 2
西湖大学鞠峰团队招聘“土壤微生物组学”与“高通量基因组-培养组学”2名博士后
南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+
西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
北京市农林科学院植环所植物病害综合防治研究室招聘微生物组学、计算生物学
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Nature：给博士研究生的四条箴言Four golden lessons，颜宁推荐
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BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
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MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
psRobot：植物小RNA分析系统
RepeatMasker：基因组重复序列注释
基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka
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Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全
数据的质量控制软件——fastQC
整合QC质控结果的利器——MultiQC
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价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书
价值1143元的《R语言统计分析微生物组数据》系列图书
微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法
扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍
扩增子图表解读-理解文章思路
扩增子分析流程-把握分析细节
扩增子统计绘图-冲击高分文章
16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun Tax4Fun2
PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍
CHM：FishTaco将样本功能同对应的微生物联系起来，得到功能改变的驱动因子
水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物组大数据
NBT：QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台
1简介和安装Introduction&Install
2插件工作流程概述Workflow
3老司机上路指南Experienced
4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析
5粪菌移植分析练习FMT
Microbiome：粪菌移植改善自闭症
6沙漠土壤分析Atacama soil
mSystems：干旱对土壤微生物组的影响
7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse
Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease
8差异丰度分析gneiss
9数据导入Importing data
10数据导出Exporting data
11元数据Metadata
12数据筛选Filtering data
13训练特征分类器Training feature classifiers
14数据评估和质控Evaluating and controlling
15样品分类和回归q2-sample-classifier
16纵向和成对样本比较q2-longitudinal
17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
18序列双端合并read-joining
19使用q2-vsearch聚类OTUs
20实用程序Utilities
21进化树推断q2-phylogeny
22命令行界面q2cli
23图形界面q2studio
24Python命令行模式Artifact API
25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins
26开发新插件DevelopingPlugin
27语义类型Semantic
28社区Community
29参考数据库DataResources
30补充资源SupplementaryResources
31名词Glossary
32如何写方法和引用Citing
国内网络环境优化qiime2安装过程-QIIME 2安装慢或无法下载的解决方案
ANCOM：找出微生物群落中的差异物种
01-背景介绍
02-真菌引物选择
微生物组网页工具MicrobiomeAnalyst——教你零基础开展微生物组数据分析和可视化 Nature子刊：官网教程中文版、 实操教程、 NAR：原文解读
NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线
MetaCoMET——核心微生物组分析在线工具
扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
Nature Methods：快速准确的微生物来源追溯工具FEAST Phyloseq格式使用实战 原版代码实战
SourceTracker—微生物来源分析
LEfSe分析简介简化美化LEfSe分析结果图
DADA2中文教程v1.8
微生物组统计和可视化——phyloseq入门
微生物扩增子数据库大全
NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库
MER： 基于ITS区域marker扩增真菌群落的准确性
MIMOSA2： 基于微生物组和代谢组数据的整合分析
方差分解分析 (VPA)：定量不同环境因子对群落变化的解释比例
一文读懂宏基因组分析套路
Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书
Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析
1综述、MetaPhlAn2、Kraken、MetaMaps、HUMAnN2、MEGAHIT、MetaWRAP和宏表观组
2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal
3宏基因组定量、功能注释和高级分析代码
Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼
mSystems：鸟枪法宏基因组测序之外我们还能做什么
青岛能源所提出微生物组相似度新算法DMS
2016加拿大宏基因组分析教程
1简介-定义、方法和数据库
2扩增子-微生物群落多样性
3PICRUSt功能预测
4宏基因组物种组成和分箱
5宏基因组功能数据库与通路
6宏转录组流程和功能
7挖掘微生物组生物标记
4500元的微生物组培训资料
微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架
MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量 文章解读 软件使用
HUMAnN2基于UniRef数据库的功能定量 1文章解读 2软件教程 3有参分析流程
Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件 宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用
宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门
1背景知识-Shell入门与本地blast实战
2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
3组装拼接MEGAHIT(多快好省)和评估quast
MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案
metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具
IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据
MetaQuast：评估宏基因组拼接
4基因注释Prokka Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释 Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定 metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测
5基于Kmer比较数据集sourmash
6不比对快速估计基因丰度Salmon Salmon不比对快速宏基因组基因定量
7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
10绘制圈图-Circos安装与使用
KEGG在线数据库使用攻略
KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用
NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
EggNOG功能注释数据库在线和本地使用 eggNOG 5数据库介绍
antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测
抗生素抗性基因研究进展PPT分享
Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展
WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具
Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
NBT：宏基因组”读云”10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
一文读懂宏基因组binning
微生物基因组分类数据库GTDB和软件GTDB-Tk
Krona绘制物种或功能组成圈图
microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
curatedMD包挖掘宏基因组公共数据库
Cell：Tara2.0基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组
Nature：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集
NBT：人类微生物组千万基因的参考基因集
NC：全球柑橘根际微生物组的结构和功能
Cell子刊：人类微生物组参考基因集中的单体基因
热点：3个故事概览突飞猛进的肠道病毒组研究
Nature：梁冠翔等发现肠道病毒组在新生儿体内分段寄生的模式
Cell子刊：人体肠道病毒组高度多样、稳定且个体特异
QB：基于深度学习的病毒序列识别
NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集
NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS
NBT封面：纳米孔宏基因组6小时识别下呼吸道病原体
纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响
2019新型冠状病毒Nanopore测序标准操作流程
Medicine in Microecology：微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法
高分文章精选 | 纳米孔宏基因组测序的表现
生信人值得拥有的编程模板-Shell
生信人值得拥有的编程模板-Perl
手把手教你生信分析平台搭建
Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
开启win10内置Linux子程序
Docker的基本使用-Ubuntu18.04
linux 极简统计分析工具 datamash
csvtk：高效命令行版极简dplyr
文件批量重命名的技术，你值得拥有
耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？
图之典—可视化图表的词典
编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
数据可视化基本套路总结
R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等
你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？
使用dplyr进行数据操作30例
交集intersect、并集union、找不同setdiff
R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
R最快且比dplyr最高效的大数据处理R包：tidyfst
字符串处理stringr包在微生物生态的应用基础
1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
3数据筛选——提取对象的子集
4向量、矩阵的数学运算
5控制结构
6函数及作用域
7认识循环函数lapply和sapply
8分解数据框split和查看对象str
9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
ggplot2地理信息可视化 上 下
1初识ggplot2绘制几何对象
2图层的使用—基础、加标签、注释
3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
4语法基础
5通过图层构建图像
6标度、轴和图例
7定位-分面和坐标系
8主题设置、存储导出
9绘图需要的数据整理技术
ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！
不需要懂得编程，但却可以使用ggplot2画出论文级别的图？esquisse
ggplot版本的华夫饼图吧
ggplot2版聚类物种丰度堆叠图
50个ggplot2可视化案例
R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结
28个实用绘图包，总有几个适合你
热图绘制
获取pheatmap聚类后和标准化后的结果
R做线性回归
绘图相关系数矩阵corrplot
相关矩阵可视化ggcorrplot
绘制交互式图形recharts
交互式可视化CanvasXpress
聚类分析factoextra
LDA分析、作图及添加置信-ggord
解决散点图样品标签重叠ggrepel
添加P值或显著性标记ggpubr
R语言一键批量完成差异统计和可视化
Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
桑基图riverplot
分类堆叠柱状图顺序排列及其添加合适条块标签
微生物环境因子分析ggvegan
五彩进化树与热图更配ggtree
多元回归树分析mvpart
随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
加权基因共表达网络分析WGCNA
SPIEC-EASI的微生物网络构建示例
circlize包绘制circos-plot
R语言搭建炫酷的线上博客系统
使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图
Science组合图表解读：相关corrplot+环境因子连线
gganimate绘制动图观察连续变化数据
Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路
ggcor：相关系数矩阵Science级组合图表
ggridges包：时间动态波涛汹涌图
地图 世界 中国
手把手重现Science的主图Maptree
基于R的混合线性模型的实现
普鲁克分析（Procrustes Analysis）评估物种-环境/功能关联度的一个示例
R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图
MetagenoNets：在线宏基因组网络分析实操教程 NAR文章解读
使用网络图展示Venn图集合及Cytoscape操作视频
网络图在R中的实现-igraph
Gephi轻松绘制超美网络图
微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
SparCC的微生物网络构建示例
Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析 GIANT包分析网络的Z、P-score 制作带bar和pie节点的网络图
微生物组取样和DNA提取建议
微生物常见20种培养基配方
微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型
样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？ 样本量确定
样品命名 注意事项 实例
NBT：扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)
NBT：未培养病毒基因组的最少信息标准（MIUViG）
扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
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根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
Microbiome: 室温存储样本方法比较
NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长
Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法
Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合！
有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
Microbiome：微生物组名词定义
群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
16S测序，不知道OTU你就out了！
扩增子分析还聚OTU就真OUT了
主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
PCoA距离算法大全
读懂PCA和PCoA
二代测序数据统计分析中为什么是负二项分布？
宏基因组基础知识梳理
功能基因多样性研究概述
扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
环境因子关联分析—CCA还是RDA
P值背后那些事儿
轻松看懂机器学习十大常用算法
一文读懂随机森林在微生态中的应用
你想知道的ROC曲线
相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
小麦的一生矢量图收藏贴-从种子的萌发到完熟
*作者解读(由论文作者亲自讲述文章结果和背后的故事)。
Nature：何胜洋和辛秀芳组发表植物叶际微生物组稳态机制*
Nature：人类胎盘应该真的是无菌的
Nature：中科院先进院发现空间扩展生境定殖的进化稳定性策略
10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望
Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”
Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”
Nature：人体菌群研究的25个里程碑
Nature：首个肠道微生物对药物代谢影响的系统性研究
Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
Nature：真菌由肠道入侵胰腺定植富集Malassezia菌
Nature：肠道菌如何影响大脑，帮助消除恐惧相关的行为
Nature：微生物的胆汁酸代谢物调节宿主肠道特异Treg细胞的稳态
Nature专题：肠道菌群研究的现在和未来
Nature：在人类肠道营菌群中发现获得性细菌防御基因
Science：拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组* 专家点评
Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！*
Science综述：利用根际微生物组提高作物抗旱和产量
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Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用
Science：又一明星菌群可以调控肠道免疫？
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Science：比较基因组揭示银边鱼应对捕鱼行为的表型进化机制
Science评论|只需加一种菌，番茄不仅抗盐胁迫还提高65%产量！
Science：微生物组“淘金热”，从人体中发现新型抗菌剂
Science：病原菌激活植物内生菌群的抑病功能
Science：综述肠道菌群如何影响社交行为
Science: 微生物组是宿主新兴表型的来源
Science：充满铵盐的环境依然发生固氮
Science：基于微生物条形码系统的高分辨率物源追踪技术
Cell：中科院遗传发育所周俭民受邀综述植物免疫激活及信号传导的最新进展
Cell：土传遗产
Cell：植物根系如何允许有益微生物定植的
Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
Cell：新方法PopCOGenT鉴定微生物基因组间的基因流动
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Cell：绝对异养型生物改造成完全自养型生物
Cell二连发 | 广东CDC/耶鲁大学利用纳米孔测序揭示中/美新冠病毒基因组流行病学传播规律
NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用*
NBT：南农突破成果—噬菌体：土壤“狙击手”激发根际防御军团(附视频)*
NBT封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染
NBT：MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布
NBT：线虫的工程细菌共生体提高对西方玉米根虫的生防潜力
NBT：利用血液代谢组预测肠道微生物组的多样性
NBT：利用细胞甘油三酯存储提高链霉菌中聚酮类化合物的效价
Nature子刊：到底谁才是限制非共生固氮的幕后主使*
Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”
Nat. Med.：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态
NRM：人类微生物培养及培养组学
NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
NRM：多年冻土的微生物组
Nature综述: 给医生的菌群分析指南上 下
NRM综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
NRGH综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用
NRG综述：临床宏基因组学的应用与挑战
Nat. Ecol. Evol.：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家
Nat Micro：房刚组揭示细菌表观遗传调节艰难梭菌孢子形成*
Nat Micro：视频解读！铁载体：作物根际稀缺资源保卫战的“秘密武器”
Nat Micro：微生物组数据系统发育分析的方法
Nat Micro：全球污水处理厂细菌群落揭秘！
Nature Plants: 中科院微生物所郭惠珊研究组揭示土传病原菌逃避寄主免疫的新机制
Nature综述：如何获得理想的微生物组
NRM：工程微生物组的通用原则和最佳实践
NP：华中农大Kenichi Tsuda组利用植物体内原位细菌转录及蛋白组学鉴定寄主免疫攻击的病原菌蛋白
NC：菌物组构建—-随机性v.确定性、干旱胁迫、宿主筛选、统一动态(郭良栋、杨军点评)*
NC：南农沈其荣、张瑞福团队揭示多样性激发的确定性细菌装配过程限制群落功能
NC：你觉得你吃的是草，其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)
NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性
NC：蜜蜂肠道微生物的多样性
NC：应对干旱 细菌崩了 真菌依然很稳（纯网络分析发Nature子刊）
NC：南土所贾仲君组-稻田甲烷氧化的微生物机制
NC：沈阳生态所揭示病原真菌和昆虫对温带森林木本植物物种共存的重要作用
NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
SA：南农沈其荣团队Science子刊揭示番茄早期微生物组功能决定成年健康*
为什么Science子刊这么少，因为杂志和文章量最小，比Nature子刊少1个数量级。
Cell子刊：中科院遗传发育所周俭民组发现特异靶向病原菌致病力的植物天然产物并阐明作用机制*
Cell子刊：发现60%的非酒精性脂肪肝与肠道菌有关，携带者体内酒精可达健康人4-6倍
CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
CHM：中山大学李剑峰组揭示植物利用细菌获得真菌抗性
Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康* 孕期健康对孩子至关重要
Gut：人体口腔菌群的稳定性和动态变化规律* 科普：口腔微生物“你的大能量，超乎我想象”
Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定
PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
PNAS：问微生物群落演替之随机性与确定性过程-谁主沉浮
Microbiome：华中农大谢卡斌组利用CRISPR系统减少16S rRNA基因测序宿主污染*
Microbiome：南土所孙波组揭示间作重塑根际微生物组并促进生长的机制
Microbiome：南京农大团队在粘细菌捕食的生态学功能方面取得重要进展
Microbiome：中外合作揭示微生物群落降解复杂微生物聚合物的酶(视频导读)
Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布*
Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环*
Microbiome：40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制 新闻稿:南土所褚海燕组揭示长期施肥抑制根际微生物固氮的作用机制*
Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌*
Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展*
Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？*
Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)*
Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关*
Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组*
Microbiome：随机过程主导亚热带河流微型真核浮游生物群落构建*
Microbiome：扩增子16S分析苏铁类植物微生物组*
Microbiome：韦中组揭示根际原生动物群落是决定植物健康的关键因素*
Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应
Microbiome：微生物在植物世代之间的旅程
Microbiome：南农张瑞福团队揭示放牧引起草原微生物组变化驱动土壤有机碳的转化和生产力的提升
Microbiome：中科院遗传发育所揭示植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物组
Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler
Microbiome：首个地球微生物“社会关系”网络在浙大绘制！
Microbiome: 再论扩增子功能预测分析(Picrust)的效果
ISME：中科院动物所张知彬组揭示肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应*
ISME：群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存*
ISME：污水厂抗性组受细菌组成和基因交换驱动且出水中抗性表达活跃*
ISME：城环所杨军组揭示水库蓝藻影响真核浮游生物的群落演替和物种共存*
ISME：宿主性别可以决定肠道微生物对寄生虫感染的响应*
ISME：华中农大李霞组发现大豆根际微生物组变化与根瘤菌共生效率的关系
ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装
ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
ISME：高手开杠-‘1%的微生物可培养’到底为哪般？
ISME：相关分析在微生物生态学中的应用与误用
ISME：沈农栾军波组揭示水平转移基因的功能
Genome Biology：MITRE利用微生物组时间序列数据推断与宿主状态变化相关的特征
Cell Research封面 | 刘志华组揭示肠道菌群可促进胰岛素的分泌*
Cell Research：华农解析水虻基因组图谱和肠道微生物组降解规律
PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身*
PC: 对菌群影响药效和毒性的全面总结*
MP综述：植物-微生物互作的系统生物学
MP：微生物跨界平衡维持植物健康
MP：中科院微生物所郭惠珊组和中科院上海植物逆境中心段成国组合作揭示油菜生长与免疫动态调节的新机制
Plant Com：绝对定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术简介* 全文解读
GPB：农业生产活动对水体微生态的重要影响
GPB：菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制
mSystems：南昌大学徐振江团队发现微生物预测年龄皮肤比肠道更准确
mSystems：南京土壤所褚海燕组受邀发表微生物生物地理学综述(官方配视频简介)
mSystems： 南土所褚海燕组揭示了大空间尺度下空间比季节对土壤微生物群落的影响大
相对丰度会歪曲实际丰度，联合16S扩增子测序和总菌qPCR获得的绝对丰度可靠吗？
mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究*
SBB：增温掩盖不同形态氮素对青藏高原草地微生物群落的作用*
SEL：力争成为土壤生态学界的“Cell”
SBB：南土所褚海燕组-pH主导土壤中固氮群落的共存与装配
SBB：土壤微生物群落的特征究竟由什么决定
SBB：替代固氮酶对非共生固氮可能的贡献
COM：重组菌群体系在根系微生物组研究中应用*
COM：下一代微生物组技术在作物生产中的应用——局限性以及基于知识的解决方案的需求
COM：病原体之外-微生物组与植物免疫系统的相互作用
COM：根系-土壤-微生物互作
COB：自然界的循环利用-厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解
EST：广东生态所孙蔚旻团队发表尾矿微生态调查两部曲
EST：李芳柏团队揭示微生物介导的砷氧化耦合硝酸还原
EI：南土所褚海燕组发现农业土壤微生物核心菌群能够提升土壤生态功能
EP：广东省生态环境技术研究所孙蔚旻团队: 梯田土壤微生物对不同酸性矿山废水侵蚀作用的响应机制*
EM：不同气候条件下土壤稀有与丰富微生物类群的分化策略
TM：微生物稀有生物圈群落装配过程
BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展*
FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
MER：系统了解宏组学实验与分析
淡水：21世纪的分子微生物生态学
ARM：植物微生物组的生态学与进化
Ecology&Evolution|微生物功能多样性从概念到应用
SCLS：水稻微生物组时间序列分析*
SCLS：拟南芥二半萜类化合物调控根系微生物组*
中国科学：植物免疫研究与抗病虫绿色防控：进展、机遇与挑战
GCB：农田土壤丰富真菌比稀有真菌适应更广(一作解读+主图重现)
BMC：幼儿关节炎患儿肠道菌群的特征*
WR：微生物污染源解析中宿主特异性标记物在中国的表现特征*
Science Bulletin：上海植生所王二涛组发表基于绝对定量丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型*
JCP：曝气生物滤池处理焦化废水过程中N2O和NO的产生机理与群落功能研究*
Fungal Diversity：70位作者共同修订真菌界担子菌门分类系统
PB：玉米气生根分泌物支持的高效生物固氮
EL：谁说N素含量高就不固氮了(本研究反而“多多益善”)
EL：固氮能力主要取决于物种分类而不是土壤养分
BT：关键胞外酶触发了细菌群落演替偶联的高效堆肥
Viruses：病毒宏基因组学揭示马来亚穿山甲受仙台病毒和冠状病毒的侵染
NewPhy.-揭秘优势种dominant species
Gut Microbes：南医大刘星吟团队揭示肠道微生物与孤独症相关*
中国微生物组计划—农作物微生物组*
应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较*
EID：宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用*
Current Biology: 微生物所白逢彦组段守富揭示酿酒酵母通过基因网络的逆向进化适应环境的新机制*
中国人是否对新冠病毒更易感？*
遗传：从遗传力到肠菌力：概念及研究进展
遗传：基因组时代线粒体基因组拼装策略及软件应用现状
RiboFR-Seq：将16S rRNA与宏基因组连接的方法
Bioresource Technology
FEMS Microbiology Ecology
Nature点评丨超乎你想像，打喷嚏的飞沫竟然能飞这么远！戴口罩防新型肺炎非常有必要！
一人一天发两篇Science，配视频揭秘：植物如何在与病菌的斗争中取胜？
肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络
CCTV9让尸体说话-法医密档
走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
走进科学：锄禾者新说
NHK再造人类生命的神奇细胞
NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用
NHK生命大跃进
BBC人体奥秘之细胞的暗战
BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
NGC子宫日记Womb
脱口秀《娶妻当娶女博士》续集《娶妻别娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加泪点
地球5000年变化全景动画——看完叹了口气：整个世界安静了
东北大米为何如此好吃
人类的体温为何是37度
龙的简史
基建狂魔：硬核技术之隔绝厌氧菌的涂料
美国人眼中的中国崛起，15分钟让你明白美国对中国打贸易战的真相！
89岁屠呦呦再次震惊世界！视频介绍疟疾、青蒿素和背后的故事
肠·道 | 邱琇：靓汤/烧香影响母婴健康？看巨大出生队列如何揭秘！
肠·道 | 朱元方：产检消毒恐误伤菌脉，6大举措则促菌脉相承
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王金锋：母婴菌群传递的7大关键词
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你狠心冲掉的便便，正成为许多肠胃病人的救星
原来益生菌是这么搞定致病菌的
CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇
从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药
漱口水增加糖尿病，高血压风险
NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效，Immunity|LGG促进生骨
Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎
口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯
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过年了，少喝点酒，多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单
作物驯化与人类的生活
漫画科普
一图读懂丨2019新型冠状病毒，你需要知道什么？
杀人最多的合法毒品
成年人过敏的N种变态表现
你看的每一篇Nature论文，都是这样出炉的！
Nature审了个稿，却卷进一桩诺贝尔奖的公案！
起源、进化、创造、探索——穿越138亿年的时间之旅
染上艾滋的第22个小时，我完成了自救
艾滋病交响诗
被传染艾滋
生命简史
梅毒狂想曲
气候创造历史
厌氧君和好氧君谁是明日之子
疯狂的消化之旅——消化系统简介
生物学家也要了解的物理
真菌其实是长歪了的动物
那些不回微信的人，都在想什么？
“我付了钱，为何要说谢谢？
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“一不小心”成为大佬：Rob Knight 的传奇故事
结肠癌个性化治疗新手段——基于类器官的Cas9筛选平台 | Cell Press 青促会述评
大多数人都不知道，人类基因组正在衰败
哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇
哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇
Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难？
怎么跑都不累？自然医学揭秘微生物组提升运动表现
为了你的幸福，你知道细菌有多努力吗？
肠道菌群助你脱单，爱TA就请TA一起吃饭
56张图片带您认识细菌长啥样？
Nature：剖腹产到底好不好？——肠道菌群的视角
生物领域预印本bioRxiv发展概览
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
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