NCBI测序数据批量下载与使用

一. 数据下载：SRA　Tookit下载

SRA Tookit是NCBI 提供的下载软件，我们需要下载安装，下载地址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 。

选择需要的SRA Tookit 版本进行下载，下载后直接解压到某个指定位置即可。然后搜索SRA数据，例如，我们要下载SRP108428（阅读文献可以找到公开数据的project号）下的所有数据，打开NCBI网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP108428（此处为project号），点击"Accession List"键，下载得到SRR List 储存在sra.txt文件中。

得到sra.txt文件如下：

使用SRA Tookit 的prefetch进行下载，prefetch放在sratoolkit文件夹下的bin目录。

$ sratoolkit-centos_linux64/bin/prefetch --option-file sra.txt

二. SRA文件格式转换

最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式，不再支持*.fastq.gz，因此需要一个SRA Tookit 的fastq-dump来转换下载的*.sra数据文件。

$ fastq-dump -A <SRR_accession> -D <Path_to_SRR_Directory> -O <Output_Path>