pathview包绘制富集的kegg图

1、首先我们安装pathview包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("pathview")

2、调用pathview包

library("pathview")

3、准备文件

rt=read.table("input.txt",sep="\t",header=T,check.names=F) #查看前6行 head(rt)

最重要的要两列，一列是基因名，一列的logFC（也可以p值或者是FDR） 富集分析的结果文件

keggxls=read.table("KEGG.xls",sep="\t",header=T) head(keggxls)

#这里总共是8个通路，我在这里写了一个循环，让他自动一个一个生成通路图，如下所示。 for(i in keggxls$ID){ pv.out <- pathview(gene.data = geneFC, pathway.id = i, species = "hsa", out.suffix = "pathview")}