绘图文件，此R包对输入文件格式进行了规定，R包可以通过搜索列文件名来找出作图所需要的信息。 文件格式可以为MAF、MGI和custom（自定义文件）三种，每种文件至少包含三列信息，分别如下： MAF必须包含以"Tumor_Sample_Barcode", “Hugo_Symbol”, “Variant_Classification"命名的列； MGI必须包含"sample”,“gene_name”,“trv_type"命名的列； Custom文件必须包含"sample”, “gene”, "variant_class"命名的列。
【基本参数】
fileType：读入X的数据格式，分为：”MGI”, “MAF”, “Custom”。rmvSilent：是否去除沉默突变，默认为FALSE。mainRecurCutoff：通过gene突变频率阈值进行筛选，大于阈值的进行绘制，值在[0,1]之间，默认为0，不进行任何过滤。out：输出“data”, “grob”, 或”plot”的类型,默认为 “plot”。mainDropMut：是否从mutation type legend中去除不使用的”mutation type”，默认为FALSE。mainPalette：用户自定义mutation type的颜色，必须为每一种mutation type指定一种颜色,默认null。plotGenes：设定绘制的基因。plotSamples：设定绘制的样本。maxGenes：指定最多可以plot的基因数。plot_proportions：是否绘制突变谱，默认FALSE。section_heights：绘图各部分的高度设置【label】
mainGrid：是否显示网格，默认为TRUE显示网格。mainXlabel：是否展示横轴的样品名称，默认为FALSE不显示。main_geneLabSize：基因ID字体大小。默认为8。mainLabelCol：定义网格内显示内容，默认为null。mainLabelSize：网格内字体大小，仅当定义了mainLabelCol有效。mainLabelAngle：定义字体角度，仅当定义了mainLabelCol有效。【order】
variant_class_order：当自定义X的数据类型为”Custom”时，指定mutation types的plot顺序。geneOrder：设定绘制的基因顺序。sampOrder：设定绘制的样本顺序。 【MutBurden 相关】plotMutBurden：是否在顶端展示mutBurden的sub-plot，默认为TRUE。mutBurden：统计并plot每个样本的突变密度（一般分为同义突变密度和非同义突变密度）。默认值为NULL；自定义时：可根据公式：mutation per MB=mutation_total/coverage_space *1000000 进行突变密度计算。coverageSpace：基因组测序长度（bp），默认是44100000（44.1M），可根据测序芯片类型调整。 【clin 相关】clinData：包含临床信息的data frame，默认为NULL；若进行自定义，列名必须为 “sample”, “variable”,“value”;此外，clinData 必须以”long” format的形式存在。clinLegCol：临床信息legend分为多少列。仅当clinData存在时才有效。clinVarOrder：按指定顺序绘制临床信息。clinVarCol：根据clinData中的变量指定颜色。